Proteins without Enzymatic Function with Sequence - imb.savba.sk

Trends in Glycoscience and Glycotechnology
Vol.12 No.68 (November 2000) pp. 363–371
MINIREVIEW
Proteins without Enzymatic Function with Sequence Relatedness
to the α-Amylase Family
α-アミラーゼファミリーと類似したアミノ酸配列を有し酵素的機能を持たないタンパク質
Janec˘ek, S˘tefan
Institute of Molecular Biology, Slovak Academy of Sciences, Dúbrauská cesta 21, SK-84251 Bratislava, Slovakia
FAX: + 421 7 5477 3649; E-MAIL: umikstef@savba.sk
Key Words : alpha-amylase family, transport proteins, 4F2 antigens, protein evolution
Abstract
At present the α-amylase enzyme family covers 27 different enzyme specificities from hydrolases (EC 3), transferases
(EC 2) and isomerases (EC 5). They belong to the three glycoside hydrolase Families 13, 70 and 77, forming a clan GH-H in
the frame of the sequence-based classification of glycosidases.
There is also a glycoside hydrolase Family 57 containing some
α-amylases and related enzymes especially from
hyperextremophiles, which however, have sequences, according to present knowledge, unrelated to those from the main
Family 13. The proteins without catalytic function that exhibit
clear sequence similarities to the enzymes from the α-amylase
Family 13 are the main subject of this article. They are the mammalian proteins inducing transport of dibasic and neutral amino
acids across cell membranes and the mammalian 4F2
heavy-chain cell surface antigens, i.e., proteins without any functional relatedness to amylolytic enzymes. Nevertheless, from
the structural and evolutionary points of view, these proteins
may form with the enzymes common to the α-amylase protein
family. Analogous examples from other protein families (e.g.
chitinases, aldo-keto reductases) are also provided.
A. Introduction
Due to their fascinating structural and functional diversity oligo- and polysaccharides provide almost unlimited possibilities for the existence of enzymes (1) responsible for their
cleavage (glycosidases, polysaccharide lyases), modifications
(transglycosylases), biosynthesis (glycosyltransferases), and
removing the non-saccharidic side-chains (carbohydrate esterases). In other words, there are large numbers of various enzymes in nature that cope in some way with carbohydrates.
Starch, besides the cellulose, belongs to one of the most
widely distributed polysaccharides on Earth. It is an important
source of energy for animals and higher plants, and especially
for microorganisms. Due to the rather complex structure of starch
(α-D-glucose bound by α-1,4-bonds with the α-1,6-branching
points) and its related polysaccharides (e.g. glycogen and
pullulan) there exists a set of enzymes, generally called starch
要 約
現在、α-アミラーゼファミリーに属する酵素は 27 種類の異
なった酵素群にわたり、ハイドロラーゼ(EC 3)、トランスフェ
ラーゼ(EC 2)、およびイソメラーゼ(EC 5)に分類される。これら
はグライコサイドハイドロラーゼファミリー 13、70、および 77
に属し、アミノ酸配列に基づいた分類による GH-H 族を形成し
ている。また、特に超極限微生物由来のいくつかの α-アミラー
ゼとその関連酵素を含めたグライコサイドハイドロラーゼの
ファミリー 57 も存在するが、現在の知見ではこれらはファミ
リー 13 とアミノ酸配列上は関係がない。ここでは主に、α-アミ
ラーゼファミリー 13 に属する酵素とアミノ酸配列が明らかに似
ているが触媒活性はもたないタンパク質について採りあげるこ
とにする。これらのタンパク質には、ほ乳類の二塩基性または
中性アミノ酸膜輸送誘導タンパク質や、細胞表層抗原の 4F2 H
鎖といったものがあり、澱粉分解酵素とは機能的に全く関連が
ない。しかしながら、構造と進化という観点にたてばこれらは
酵素とともに同じ α-アミラーゼタンパク質ファミリーに属する
といえるだろう。本レビューではこれと似た例として他のタン
パク質ファミリーに属するキチナーゼおよびアルド-ケト-レダク
ターゼについても紹介する。
A. 序論
オリゴ糖や多糖はその構造と機能が非常に多様であるがゆ
えに、それらに関与する酵素には分解(グライコシダーゼや多糖
リアーゼ)、修飾(トランスグライコシダーゼ)、生合成(グライコ
シルトランスフェラーゼ)、そして非糖質性側鎖除去(炭水化物エ
ステラーゼ)などに関与する酵素のほとんど無限の可能性が存在
する (1)。言い換えると、自然界には何らかの形で炭水化物に作
用する酵素は驚くべく多数存在する。
澱粉はセルロースと同様に地球上に最も多岐にわたり分布
する多糖のひとつであり、動物、高等植物、特に微生物の重要
なエネルギー源である。澱粉(α-D-グルコースが α-1,4 結合でつ
ながっており、それに α-1,6 の分岐を持つ)や関連の多糖(グリ
コーゲンやプルラン)はやや複雑な構造を持つため、これらの基
質をグルコースにまで完全に分解する一連の酵素群が存在し、
一般的には澱粉加水分解酵素およびその関連酵素群と呼ばれ
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hydrolases and related enzymes, that are able to degrade these
substrates completely to glucose. Almost every living organism
contains in its genome the genetic coding for the enzymes capable of hydrolysing these glycosidic bonds. The best known
enzymes operating on starch are the three amylases: α-amylase,
β-amylase and glucoamylase. They are, however, quite different with respect to their primary and tertiary structures, reaction
mechanism and catalytic machinery which indicates a quite independent evolutionary history for each of these amylases (2–4).
The main aim of this article is to give a recent overview
of the α-amylase family which was best known in past years as
the Family 13 of glycoside hydrolases. Currently, however, the
α-amylases and related enzymes cover three families in the classification of glycosidases, the Families 13, 70 and 77, forming
thus a large clan named clan GH-H with almost 30 different
specificities (5). Special attention is paid to the non-enzymatic
members of the α-amylase superfamily (or clan), namely the
mammalian proteins that are responsible for the transport of dibasic and neutral amino acids across cell membranes, as well as
the mammalian 4F2 heavy-chain cell surface antigens. The glycoside hydrolase Family 57 consisting of a few amylolytic specificities with no clear sequence similarity to the main Family 13
is also briefly described.
B. α-Amylase Family: Superfamily or Clan ?
While both β-amylase and glucoamylase form in the
sequence-based classification of glycoside hydrolases their own
independent families with only one specificity (β-amylase constitutes Family 14 with the specificity EC 3.2.1.2 and
glucoamylase forms Family 15 with the specificity EC 3.2.1.3),
the family known as the α-amylase family ranks among the largest families of glycosidases (1,5). It has been well-known under
the name Family 13 of glycoside hydrolases (6,7). However, at
present it covers a clan, called GH-H (1), including Families 70
and 77 in addition to the original Family 13 (Table I). All the
members of this a-amylase clan should have in common the
α-amylase-type catalytic (β/α)8-barrel, catalytic machinery with
the catalytic Asp, Glu and Asp residues at strands β4, β5 and
β7, respectively, and a retaining reaction mechanism (1,7,11-15).
From the time when the sequence-based classification
system of glycoside hydrolases was established (6) Family 13
was satisfactory for the entire α-amylase family for several years.
The existence of some amino acid sequences derived especially
from extremophilic microorganisms, having the α-amylase activity, but with no clear homology to the sequences of Family 13
(16,17), led to the definition of a new family, Family 57, of glycoside hydrolases (18). At present, besides the α-amylases, Family 57 contains also the 4-α-glucanotransferase and
amylopullulanase specificities as well as a few open reading
frames which belong to the putative enzymatic members (1,5).
る。ほとんど全ての生物はゲノム上に、このグライコシル結合
を加水分解しうる酵素遺伝子をコードしている。澱粉の分解を
つかさどる酵素として最も良く知られているのが α-アミラー
ゼ、β-アミラーゼ、およびグルコアミラーゼの3つのアミラー
ゼであるが、これら3酵素は1次構造、3次構造、反応機構、
そして触媒をつかさどるための装置が大きく異なっており、そ
の違いは各アミラーゼの進化の歴史に深い関係があると考えら
れる (2–4)。
本レビューでは主に、グライコサイドハイドロラーゼのう
ちこれまでにファミリー 13 として最も良く知られている α-ア
ミラーゼファミリーについての最近の概観について述べること
にする。しかしながら、目下のところ α-アミラーゼとその関連
酵素は、グライコシダーゼの分類上ファミリー 13、70、および
77 の3ファミリーにまたがり、30 もの異なる特異性を持った
GH-H 族と呼ぶある大集団を形成している。このような α-アミ
ラーゼスーパーファミリー(もしくは α-アミラーゼ族)のなか
で、酵素ではないもの、例えばほ乳類の二塩基性または中性ア
ミノ酸膜輸送誘導タンパク質や、細胞表層抗原の 4F2 H 鎖など
に特に焦点を当ててみたい。また、ファミリー 13 に属する酵素
と1次配列のホモロジーは低いがいくつかの澱粉分解特性を
持っている、グライコサイドハイドロラーゼファミリー 57 につ
いても若干触れることにする。
B. α-アミラーゼファミリー:スーパーファミリーか族か?
β-アミラーゼとグルコアミラーゼは、いずれもアミノ酸配
列を基にした分類上それぞれただひとつの特異性からなる独立
のファミリーを形成している(β-アミラーゼはファミリー 14 を
形成し、その特異性は EC 3.2.1.2、グルコアミラーゼはファミ
リー 15 を形成し、その特異性は EC 3.2.1.3 である)。一方、αアミラーゼファミリーはグライコシダーゼ中で最も大きなファ
ミリーに分類される (1、5)。α-アミラーゼファミリーは、グライ
コサイドハイドロラーゼのファミリー 13 という名で良く知られ
てきたが、現在ではファミリー 13 に加えファミリー 70 および
77 も含めたいわゆる GH-H 族を形成している(Table I)。この αアミラーゼ族に属する酵素は全て、α-アミラーゼに共通の (β/α)8バレルと、β4-、β5-、β7-ストランドそれぞれに存在する触媒残
基 Asp、Glu、Asp、さらにはアノマー保持型反応機構を有して
いる (1、7、11–15)。
グライコサイドハイドロラーゼをアミノ酸配列を基に分類
する方法 (6) が確立されて以来数年間、ファミリー 13 は α-ア
ミラーゼファミリー全体を指す語として使用された。しかし、
α-アミラーゼ活性を持つがファミリー 13 のアミノ酸配列と明確
なホモロジーを持たないような極限微生物由来のタンパク質が
存在することがわかると、新たにファミリー 57 を定義するよう
になった (18)。現在では α-アミラーゼの他に 4-α グルカノトラ
ンスフェラーゼやアミロプルラナーゼをはじめ、酵素群を形成
すると推定される数種のオープンリーデイングフレームもファ
ミリー 57 に属する (1、5)。ファミリー 13 とファミリー 57 はど
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Table I. The α-amylase protein family.
Enzyme classa
Enzyme name
EC number
GH familyb
Hydrolases
α-Amylase
Oligo-1,6-glucosidase
α-Glucosidase
Pullulanase
Amylopullulanase
Cyclomaltodextrinase
Maltotetraohydrolase
Isoamylase
Dextran glucosidase
Trehalose-6-phosphate hydrolase
Maltohexaohydrolase
Maltotriohydrolase
Maltogenic amylase
Neopullulanase
Maltooligosyltrehalose hydrolase
Maltopentaohydrolase
Amylosucrase
Glucosyltransferase
Sucrose phosphorylase
Glucan branching enzyme
Cyclodextrin glucanotransferase
Amylomaltase (4-α-Glucanotransferase)
Glucan debranching enzyme
Alternansucrase
Maltosyltransferase
Maltooligosyltrehalose synthase
Trehalose synthase
Amino acid transport proteins
4F2 Heavy-chain antigens
3.2.1.1
3.2.1.10
3.2.1.20
3.2.1.41
3.2.1.1/41
3.2.1.54
3.2.1.60
3.2.1.68
3.2.1.70
3.2.1.93
3.2.1.98
3.2.1.116
3.2.1.133
3.2.1.135
3.2.1.141
3.2.1.2.4.1.4
2.4.1.5
2.4.1.7
2.4.1.18
2.4.1.19
2.4.1.25
2.4.1.25/3.2.1.33
2.4.1.140
2.4.1.5.4.99.15
5.4.99.16
——-
13
13
13
13
13
13
13
13
13
13
13
13
13
13
13
13
13
70
13
13
13
13,77
13
70
13
13
13
13
13
Transferases
Isomerases
Proteins
a
Based on the close sequence similarities with oligo-1,6-glucosidases, the mammalian proteins inducing transport of dibasic and neutral amino acids across cell membranes as well as the mammalian 4F2 heavy-chain cell
surface antigens (both without any enzymatic activity) have been shown to be in close primary-structural and
evolutionary relationships with the α-amylase family enzymes (8–10) thus forming together one protein structural family.
b
Glycoside hydrolase families according to CAZy server (1).
Although both Families 13 and 57 use a common retaining reaction mechanism (1,13,19), the attempts aimed at revealing
the eventual evolutionary relatedness between these families
(20,21) have not been confirmed yet. To achieve the final answer concerning the relatedness of the α-amylase Families 13
and 57, results of site-directed mutagenesis and crystallographic
studies are necessary (15).
In 1996 MacGregor et al. (22) published an important
prediction study which revealed that sucrose-utilising
glucosyltransferases should contain catalytic (β/α)8-barrel characteristic of the α-amylase, however, with a circularly permuted
order of secondary structure elements. The barrel in transferases
starts with an α-helix equivalent to helix α3 in the α-amylases.
The β-strands appear to occur in the sequence (from the
N-terminal end of the glucosyltransferase) β4 to β8, β1 to β3 as
compared to β1 to β8 for an α-amylase (22). The alternative
ちらもアノマー保持型の反応機構を示す (1、13、19) が、両ファミ
リー間の進化的関連を明らかにするのを目的に出された推論
(20、21) はまだ検証されるにいたっていない。α-アミラーゼファ
ミリー 13 と 57 の関係について最終的な解答を得るには部位特
異的変異と結晶構造解析の結果を待たねばならない (15)。
1996 年、MacGregor ら (22) が重要な論文を出した。彼女ら
によるとスクロースを基質とするグルコシルトランスフェラー
ゼには、2次構造因子が順々に置き換わる形で α-アミラーゼの
(β/α)8-バレル構造が存在しているという。トランスフェラーゼの
バレル構造は α-アミラーゼの α3 に相当する α-ヘリックスから
始まる。β-ストランドは酵素の N 末端から順に β-4 から β-8 ま
でおよび β-1 から β-3 まででありこれが α-アミラーゼでは β-1
から β-8 までに相当する (22)。この循環的置換 (23) を考慮せず
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structural proposal, which does not take into account the circular permutation (23), seems to be less probable because, for example, the circularly non-permuted sequence of dextran sucrase
from Leuconostoc mesenteroides (24) would start by the strand
β3 (strands β1 and β2 would be missing), while, on the other
hand, at least the well-conserved strand β2 is easily identifiable
behind the strand β8 if permutation is considered (5). The importance of the paper (23), which does not involve any circular
permutations in the prediction of the (β/α) 8-barrel in
glucosyltransferase with respect to the α-amylase-type of barrel, was that it identified by site-directed mutagenesis the three
glucosyltransferase catalytic residues common to the α-amylase
family enzymes. Although the permutation events in the
glucosyltransferases have not yet been verified by their X-ray
structures, these enzymes have constituted the new family in
the classification of glycoside hydrolases, Family 70, and are
proposed to form the clan GH-H with the main α-amylase Family 13 (1,5).
Very recently a new family, numbered Family 77, has
been opened (1) containing only one enzyme specificity,
amylomaltase (or 4-α-glucanotransferase), isolated up to now
from bacteria and plants. The reason for this new family was
that the amino acid sequences of the amylomaltases resemble
less those of “classical” α-amylases and related enzymes from
Family 13. Amylomaltase may belong to one of the most distantly related members of the entire α-amylase family covering
now the three Families 13, 70 and 77 of glycoside hydrolases
(7). Nevertheless, as evidenced by the crystal structure of
amylomaltase from Thermus aquaticus (25), these enzymes,
currently classified in Family 77 (1), satisfy all the criteria for
being members of the α-amylase superfamily (26).
The α-amylase enzyme family can thus be considered as
a superfamily or a clan of the three structurally, mechanistically
and functionally related Families 13, 70 and 77 of glycoside
hydrolases (clan GH-H) covering about 500 different complete
sequences (5). Moreover, there is another α-amylase Family 57,
containing about 10 sequences, with as yet neither confirmed
nor disproved relatedness to the main clan GH-H.
C. Proteins and Antigens Having Sequence Relatedness to
the α-Amylase Family
In the original concept proposed by Takata et al. (26),
the α-amylase family was proposed as a family of enzymes exhibiting structural similarity and common catalytic mechanism. The α-amylases and related enzymes were classified as
belonging to the family if satisfied the following four requirements: (i) they act on α-1,4- and α-1,6-glucosidic linkages; (ii)
they hydrolyse α-glucosidic linkages to produce α-anomeric
mono- and oligo-saccharides or form α-glucosidic linkages by
transglycosylations; (iii) they have four highly conserved sequence regions containing all the catalytic residues and most of
に構造を提案するのは現実的ではない。なぜならこの循環的置
換のおこらない Leuconostoc mesenteroides 由来デキストランスク
ラーゼ (24) は β-3 ストランドから始まる(β-1 と β-2 が存在しな
い)。しかしながら一方で、少なくとも保存性の高い β-2 はこの
置換を考慮すると β-8 ストランドのあとに簡単に存在が確認で
きると考えられるからである。この論文 (23) では、α-アミラー
ゼ型バレル構造については、グライコシルトランスフェラーゼ
の (β/α)8 -バレルを予測するにあたり、この循環的置換を全く用
いていない。しかしこの論文で重要なのは、α-アミラーゼファ
ミリーの酵素が共通して有する3つの触媒残基を部位特異的変
異により同定したことである。グルコシルトランスフェラーゼ
におけるこの置換は X 線構造による証明がまだ成されていない
が、これらの酵素はグライコサイドハイドロラーゼの分類にお
いて新たな分類、ファミリー 70 を形成しており、主な α-アミ
ラーゼファミリー 13 とともに GH-H 族を提案することができ
る (1、5)。
近年、新たなファミリー、ファミリー 77 が誕生した (1)。
これには今のところバクテリアと植物由来のアミロマルターゼ
(4-α-グルカノトランスフェレース) だけが属する。この新しい
ファミリーが生まれた理由は、アミロマルターゼのアミノ酸配
列が“古典的な”α-アミラーゼとそれに関連したファミリー 13
の酵素との間で相同性が低いためである。アミロマルターゼ
は、ファミリー 13、70、および 77 の3つを含めた α-アミラー
ゼファミリー全体にわたるグライコサイドハイドロラーゼの中
で最も遠縁のものに属するであろう(7)。しかしながら、Thermus
aquaticus 由来アミロマルターゼ (25) の結晶構造解析から明らか
なように、ファミリー 77 (1) に現在のところ分類されている酵
素は α-アミラーゼスーパーファミリーに属するための基準を全
て満たしている (26)。
このように α-アミラーゼファミリーとは、構造、機構、機
能の3つが類似したファミリー 13、70、および 77 といった 500
もの異なったアミノ酸配列をカバーするグライコサイドハイド
ロラーゼ(GH-H 族)のスーパーファミリーあるいは族とみなすこ
とができる (5)。さらに、もうひとつ別の α-アミラーゼファミ
リー 57 も存在する。このファミリーは 10 種類のタンパク質か
ら成り、今のところ主な GH-H 族との関係は明らかではない。
C. α-アミラーゼファミリーとホモロジーのあるタンパク質およ
び抗原
最初に高田らが提唱した α-アミラーゼファミリーの概念
(26) は、構造の類似性および共通した触媒機構をもつ酵素の
ファミリーである。すなわち、α-アミラーゼとその関連酵素は
以下の条件を満たすものが α-アミラーゼファミリーに分類され
るという。(i) α-1,4 グルコシド結合および α -1,6 グルコシド結
合に作用する、(ii) α-グルコシド結合を加水分解し α -アノマー
型のオリゴ糖を生成するもしくは糖転移反応により新たな α -グ
ルコシド結合を形成する、(iii) 全ての触媒残基と基質結合部位
のほとんどを含む4つの高度に保存された領域を持つ、(iv)
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the substrate binding sites; and (iv) they possess Asp, Glu and
Asp residues as catalytic sites corresponding to Asp206, Glu230
and Asp297 of Taka-amylase A (14,26-28). Now, however, as
the number of different sequences and specificities of these enzymes has enormously increased (see, e.g., Table I), enzymes
with other than α-1,4- and α-1,6-linkage specificities have been
recognised as belonging to the α-amylase family, e.g. the enzymes acting on trehalose and sucrose (5,15). This necessarily
indicates that the definition of the α-amylase family should be
more flexible even in the case where the family is considered as
the pure enzyme family.
The situation may be completely different if the
α-amylase family is taken from the structural and evolutionary
points of view. In 1992, two independent studies were published
by Wells and Hediger (8) and Bertran et al. (9), who reported on
cloning and sequencing of cDNAs from rat and rabbit kidney
that stimulate transport of dibasic and neutral amino acids across
cell membranes. Very remarkably these amino acid transportrelated proteins were revealed to exhibit sequence similarities
with some members of the α-amylase enzyme family, especially
with oligo-1,6-glucosidases and α-glucosidases (8,9). On the
other hand, the transport proteins present clear sequence similarities with the 4F2 heavy-chain cell surface antigens. Both these
proteins, the transport ones as well as the antigens, are of mammalian origin only (1,5), such as mouse, rat, rabbit and human
(8,9,29–31). Janec˘ek et al. (10) presented a detailed comparison of the enzymatic members of the α-amylase family with the
non-enzymatic relatives. It was found that, from the primary
structure (and thus also evolutionary) point of view, the amino
acid transport-related proteins are most closely similar (related)
to the oligo-1,6-glucosidase group of enzymes from the
α-am ylase family (Fig. 1). This group could involve
α-glucosidase, dextran glucosidase, trehalose-6-phosphate hydrolase, sucrose phosphorylase, trehalose synthase and a few
α-amylases, as well as cyclomaltodextrinase, neopullulanase and
maltogenic amylase, in addition to oligo-1,6-glucosidase
(7,10,15).
Amino acid sequence alignment of the
oligo-1,6-glucosidase from Bacillus cereus (32) with the human
amino acid transport protein (31) and human 4F2 heavy-chain
antigen (30), shown in Fig. 1, clearly demonstrates the existence of sequence similarities between the enzyme and the two
proteins. The degree of similarity is high especially in the parts
around the strands β3, β4 and β8 of the catalytic (β/α)8-barrel
of the oligo-1,6-glucosidase for which the three-dimensional
structure is known (33). On the other hand, the strands β5 and
β7 are not easily identifiable, especially for the antigen. Both
proteins lack at least some of the amino acid residues that are
essential for the enzymatic (amylolytic) function (Fig. 1). These
are Arg in the β4 region and, more importantly, perhaps, catalytic Glu in the β5 region for the transport protein, while, as far
Taka-アミラーゼの Asp206、Glu230、Asp297 (14、26-28) に相当
する Asp、Glu、Asp 残基を有する。しかしながら、今日では αアミラーゼファミリーと呼べる酵素のアミノ酸配列や特異性は
大変多く (Table I)、α-1,4 結合と α-1,6 結合に特異的でない酵素、
例えばトレハロースやスクロースに作用する酵素 (5、15) も α-ア
ミラーゼファミリーに属するとみなされるようになった。これ
はまさに、α-アミラーゼファミリーを純粋な酵素群にするので
はなく α-アミラーゼファミリーの定義に柔軟性を持たせる必要
が出てきたということである。
もし α-アミラーゼファミリーを構造と進化の観点からとら
えるのなら状況は全く違ってくる。1992 年、ラットおよびウサ
ギ由来の二塩基性および中性アミノ酸膜輸送誘導タンパク質遺
伝子のクローニングと塩基配列について Wells と Hediger (8) お
よび Bertran (9) らの研究がそれぞれ発表された。注目すべきは、
このようなアミノ酸輸送に関与するタンパク質が、オリゴ-1,6グルコシダーゼや α-グルコシダーゼ (8、9)といった α-アミラー
ゼファミリーの酵素と類似性を持つことが示された点である。
一方、それらの輸送タンパク質は細胞表層抗原の 4F2 H 鎖と明
らかに相同性を有する。これらのタンパク質はどちらも、ラッ
ト、マウス、ウサギおよびヒトといったほ乳類のみに由来する
タンパク質である (8、9、29–31)。私たちは α-アミラーゼファミ
リーに属する酵素タンパク質と、非酵素的タンパク質とを詳細
に比較検討した。その結果、1次構造および進化的な観点から
アミノ酸輸送関連タンパク質は α-アミラーゼファミリーのひと
つオリゴ-1,6-グルコシダーゼグループの酵素と最も相同性が高
い(似ている)ことがわかった (図 1)。このグループには、オリゴ1,6-グルコシダーゼに加えて、サイクロマルトデキストリナー
ゼ、ネオプルラナーゼ、マルトジェニックアミラーゼのみなら
ず、α-グルコシダーゼ、デキストラングルコシダーゼ、トレハ
ロース-6-フォスフェイトハイドロラーゼ、スクロースフォス
フォリラーゼ、トレハロースシンターゼ、そしていくつかのαアミラーゼが含まれる (7、10、15)。
Bacillus cereus 由来オリゴ-1,6-グルコシダーゼ (32) とヒト由
来アミノ酸輸送タンパク質 (31) およびヒトの 4F2 H 鎖 (30) の
アミノ酸配列のアライメントを 図 1 に示す。これをみると明ら
かに、これら3種類のアミノ酸配列に相同性が存在する。3次
元構造の明らかなオリゴ-1,6-グルコシダーゼでいうと、(β/α)8-バ
レル中の β3-ストランド、β4-ストランド、および β8-ストラン
ド付近のホモロジーが特に高い (33)。一方、β5-ストランドおよ
び β7-ストランドは特に 4F2 H 鎖でホモロジーが低い。4F2 H 鎖
とアミノ酸輸送タンパク質はどちらも(澱粉分解)活性に必須のア
ミノ酸残基を欠失している (図 1)。その残基とは、アミノ酸輸
送タンパク質では β4-ストランド中に Arg、おそらくさらに重要
な β5-ストランド中に Glu を欠失しており、4F2 H 鎖では β3-ス
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---β2---Human.AAT
Bacce.OGL
Human.4F2
113
1
113
KCLDWWQEGPMYQIYPRSFKDSNKDGNGDLKGIQDKLDYITALNIKTVWITSFYKSSLKD
MEKQWWKESVVYQIYPRSFMDSNGDGIGDLRGIISKLDYLKELGIDVIWLSPVYESPNDD
PAQKWWHTGALYRIG--DLQAFQGHGAGNLAGLKGRLDYLSSLKVKGLVLGPIHKNQKDD
-----β3----Human.AAT
Bacce.OGL
Human.4F2
FRYGVEDFREVDPIFGTMEDFENLVAAIHDKGLKLIIDFIPNHTSDKHIWFQLSR-TRTG
NGYDISDYCKIMNEFGTMEDWDELLHEMHERNMKLMMDLVVNHTSDEHNWFIESRKSKDN
--VAQTDLLQIDPNFGSKEDFDSLLQSAKKKSIRVILDLTPN------------------
Human.AAT
Bacce.OGL
Human.4F2
KYTDYYIWHDCTHENGKTIPPNNWLSVYGNSSWHFDEVRNQCYFHQFMKEQPDLNFRNPD
KYRDYYIWRPGKE--GK--EPNNWGAAFSGSAWQYDEMTDEYYLHLFSKKQPDLNWDNEK
-YR------------GE----NSW----------------------FS-TQVD------T
Human.AAT
Bacce.OGL
Human.4F2
VQEEIKEILRFWLTKGVDGFSLDAVKFLLEAKHLRDEIQVNKTQIPDTVTQYSELYHDFT
VRQDVYEMMKFWLEKGIDGFRMDVINFISKEE----GLPTVETEEEGYVSG-HKHFMNGP
VATKVKDALEFWLQAGVDGFQVRDIENLKDAS--------------------SFLAEWQN
loop3
---β4----
---β5--Human.AAT
Bacce.OGL
Human.4F2
TTQVGMHDIVRSFRQTMDQYSTEPGRYRFMGTEAYAESIDRTVMYYGLPFIQEADFPFNN
NIHKYLHEMNEEVLSHYDIMTVGEMPGVTTEEAKLYTGEERKELQMVFQFEHMDLDSGEG
ITKGFSEDRLLIAGTNSSDLQQ---------ILSLLESNKDLLL-------------TSS
Human.AAT
Bacce.OGL
Human.4F2
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GKWDVKPCSLLTLKENLTKWQKALEHTGWNSLYWNNHDQPRVVSRFGNDGMYRIESAKML
YLS-DSGSTGEHTKSLVTQYLNATGN-RWCSWSLS---QARLLTSFLP-----AQLLRLY
--β7--
---β8---Human.AAT
Bacce.OGL
Human.4F2
NMLLFTLPGTPITYYGEEIGMGNIVAANLNESYDINTLRSKSPMQWDNSSNAGFSEASNT
ATVLHMMKGTPYIYQGEEIGMTNVRFESIDEYRDIETLNMYKEKVMERGEDIEKVMQSIY
QLMLFTLPGTPVFSYGDEIGLDAAALP-------GQPMEAP-VMLWDESS-------FPD
Human.AAT
Bacce.OGL
Human.4F2
WLPTNSDYHTVNVDVQKTQPRSALKLYQDLSLLHANELLLNRGWFCHLRNDSHYVVYTRE
IKGRDNARTPMQWDDQNHAG---FTTGEPWITVNPNYKEINVKQAIQNK-DSIFYYYKKL
IPGAVSANMTVKGQSEDPGS--LLSLFRRLSDQRSKERSLLHGDFHAFSAGPGLFSYIRH
* *
*
*
Human.AAT
Bacce.OGL
Human.4F2
LDGIDRIFIVVLNFGESTLLN
IELRKNNEIVVYGSYDLILEN
WDQNER-FLVVLNFGDVGLSA
606-685
488-558
475-529
Fig. 1. Amino acid sequence alignment of enzymatic and non-enzymatic members of the α-amylase family.
Bacce.OGL, oligo-1,6-glucosidase from Bacillus cereus (32); Human.AAT, amino acid transport-related protein from Homo sapiens
(31); and Human.4F2, 4F2 heavy-chain cell surface antigen from Homo sapiens (30). The alignment covers the part corresponding
with the catalytic (β/α)8-barrel domain of oligo-1,6-glucosidase (33). Identical residues are highlighted in gray and signified by bold.
The three catalytic residues of oligo-1,6-glucosidase (Asp in β4, Glu in β5 and Asp in β7) and their eventual correspondencies are
highlighted in black-and-white inversion. The best conserved sequence regions are indicated above the alignment blocks.
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as the antigen is concerned, it misses the His and Arg in the β3
and β4 regions, respectively, and perhaps all the three catalytic
residues in the regions β4, β5 and β7. With regard to domain B
protruding out of the catalytic (β/α)8-barrel between the strand
β3 and helix α3, the transport protein contains a segment that
goes in sequence very well with the sequence of domain B from
oligo-1,6-glucosidase, including also the short conserved sequence stretch (167_QPDLN) near its C-terminus (Fig. 1). The
4F2 antigen seems either to lack domain B or contain only parts
thereof (10).
Based on the sequence similarities shown in Fig. 1, it is
relevant to expect that the three-dimensional structure of at least
the amino acid transport-related proteins will be close to the
structure of enzyme members from the α-amylase family. Probably both the transport proteins and the 4F2 heavy-chain antigens will rank among the (β/α)8-barrel enzymes, although the
antigens evidently lack substantial parts of domain B which is
characteristic of all enzymatic members of the α-amylase family (10). On the other hand, the amino acid transport-related proteins will very probably contain a domain closely related to domain B of the oligo-1,6-glucosidase (cf. Fig. 1). At present the
structure of neither the transport protein nor the antigen is known.
For example, the single N-terminal transmembrane domain of
the 4F2 antigen was predicted (34), but without further structural details concerning the rest of its polypeptide chain, which
is sequentially similar to the α-amylase-type (β/α)8-barrel (Fig.
1). Thus, the final decision on whether or not the mammalian
transport-related proteins and 4F2 heavy-chain antigens do constitute one protein structural family with the α-amylase enzyme
family needs to be supported by the crystal structures of the
potential non-enzymatic members.
トランド中に His、β4-strand 中に Arg、そして β4-, 5-, 7-ストラ
ンド中の3つの触媒残基全てを欠失している。アミノ酸輸送タ
ンパク質中には、オリゴ-1,6-グルコシダーゼの B ドメイン((β/α)
-バレル中の β3 と α3 の間から突き出た形をしている)とアミノ
8
酸配列の非常に類似した部分が存在し、また、ドメインの C 末
端近くには短い保存配列 (167-QPDLN) も存在する (図 1)。4F2
H 鎖には B ドメインは存在しないか、もしくはごく一部を含む
のみかである (10)。
図 1 に示したアミノ酸配列の相同性を基にすると、少なく
ともアミノ酸輸送タンパク質の3次元構造が α-アミラーゼファ
ミリーに属する酵素の構造に近いと考えることができる。4F2 H
鎖は α-アミラーゼファミリーに属する酵素の特徴である B ドメ
インの重要部分を明らかに欠失してはいるが、おそらく両タン
パク質は、(β/α)8-バレル酵素群の中に含められるであろう (10)。
逆に、もしかするとアミノ酸輸送関連タンパク質は、オリゴ1,6-グルコシダーゼの B ドメインに似たドメインを含んでいる
可能性が高い (図 1 参照)。今のところアミノ酸輸送タンパク質
も 4F2 H 鎖も構造は明らかでない。4F2 H 鎖の N 末端部の膜貫
通ドメインの構造が予測されているが (34) 残りのペプチド鎖に
ついては、(β/α)8-バレル構造である α-アミラーゼファミリーと
相同性はあるが (図 1)、構造の詳細については明らかにされて
いない。このように、ほ乳類のアミノ酸膜輸送促進タンパク質
や 4F2 H鎖が、α-アミラーゼ酵素ファミリーとともに構造上1つ
のタンパク質ファミリーを形成するかどうかの最終的な判断を
下すには、非酵素的タンパク質の結晶構造を知る必要がある。
D. 結論および課題
輸送タンパクや抗原といったものを α-アミラーゼファミ
D. Conclusions - Further Examples
Whatever the eventual membership of the transport proteins and antigens in the α-amylase family turns out be, it is
worth mentioning that examples of proteins forming a structural family with enzymes are not so rare. The glycoside hydrolase Family 18, chitinases, is one of the most convincing examples (6). This enzyme family, similar to the α-amylase family, ranks among the (β/α)8-barrels (35-38). Remarkably, it contains a few protein members without enzymatic (chitinolytic)
activity functioning as storage proteins. These are narbonin (39),
concanavalin B (40) and nodulin (41). It was proposed that, e.g.,
concanavalin B has lost its enzymatic ability due to a possible
mutation of the Family 18 chitinases catalytic glutamic acid to
glutamine (35,40,42). Another example may be offered by the
aldo-keto reductase family (43), which is also a family of (β/
α)8-barrels, containing a non-enzymatic protein induced by fibroblast growth factor-1, structurally homologous and evolutionarily related to the enzymes from this family (44).
In the framework of the α-amylase family, Da Lage et
リーに入れてしまっていいのかという問いに対しては、こう答
えるとしよう、すなわち、「酵素と構造的にファミリーを形成
するタンパク質の例はそれ程珍しくないことは述べるに値す
る」。グライコサイドハイドロラーゼファミリー 18 のキチナー
ゼが最も納得できる例である (6)。このファミリーは α-アミラー
ゼファミリーと同様に、(β/α) 8-バレルタンパク質のひとつであ
る (35–38)。驚いたことにこのファミリーの中にはキチン分解活
性を持たずに蓄積タンパクとして機能するタンパク質がいくつ
か含まれている。Narbonin (39)、concanavalin B (40)、そして
nodulin (41) がそれである。concanavalin B は、ファミリー 18 の
キチナーゼの触媒グルタミン酸がグルタミンに変異した結果、
酵素活性が無くなったと考えられている (35、 40、 42)。他の例と
して、aldo-keto reductase ファミリー (43) を挙げることができ
る。このファミリーもまた fibroblast growth factor-1 により誘導
を受ける非酵素的タンパク質を含む (β/α)8-バレルタンパク質で
あり、構造の類似性と進化上関連が深い (44)。
α-アミラーゼファミリーの中では、Da Lage ら (45) はショ
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al. (45) discovered a gene from a fruit fly Drosophila
melanogaster, named Amyrel, which is related to but strikingly
divergent from the insect α-amylase gene (46). Although the
Amyrel protein has not been detected yet, the Amyrel gene has a
full-length coding sequence. The cysteine residues involved in
disulphide bridges of animal α-amylases (47) are perfectly conserved in the Amyrel amino acid sequence, suggesting that
Amyrel may be an α-amylase. However, two additional cysteines,
which are not present in the animal α-amylases, may create a
new disulphide bridge and, eventually, a different tertiary structure (46).
The last example worth mentioning is the binding protein of mosquito larvae which serves as the receptor for the binary toxin from Bacillus sphaericus crystals (48). Sequencing
of the partially purified internal amino acid fragments of the
receptor from Culex pipiens and its biochemical characterisation
revealed that this insect receptor protein may be an α-glucosidase,
sequentially belonging to the α-amylase family (49).
In conclusion, it should be taken into account that protein mechanism and protein structure might have evolved at different rates, the mechanism having evolved much more quickly
than the three-dimensional structure (50).
Acknowledgement
The author thanks the Slovak Literary Fund, FEBS
(Short-term fellowship) and VEGA (grant No. 2/6045/99) for
financial support.
ウジョウバエの Drosophila melanogaster 由来の遺伝子で昆虫の
α - アミラーゼ遺伝子と関連はあるが明らかに異なる遺伝子
(Amyrelと命名)を α-アミラーゼファミリー内に見出した(46)。
Amyrel のタンパク質は検出されていないが、その遺伝子は
Amyrel 全長をコードしている。動物の α-アミラーゼ中のジスル
フィド架橋に関与する Cys 残基は Amyrel のアミノ酸配列中で
完全に保存されていることから、Amyrel は α-アミラーゼである
可能性が示唆される。しかし、動物 α-アミラーゼ中に存在しな
いさらなる2つの Cys 残基が新たなジスルフィド架橋を形成
し、その結果 Amyrel と動物 α-アミラーゼの3次構造は異なっ
ていると考えられる (46)。
特筆すべき例として挙げるとすれば、Bacillus sphaericus 由
来結晶性双性毒素のレセプターとしてはたらく蚊の幼虫の結合
タンパク質がある (48)。Culex pipiens 由来のレセプターの部分
アミノ酸配列およびその生化学的性質から、おそらくこのレセ
プタータンパク質は α-グルコシダーゼであり、したがって α-ア
ミラーゼファミリーに属するといえるであろう (49)。
最後に、「タンパク質の機構」と「タンパク質の構造」は
違った速度で進化してきたが、前者は後者よりはるかに速く進
化しているのだということを考慮に入れるべきである。
謝 辞
助成金をいただいた、Slovak Literary 基金、FEBS (Short-term
fellowship)、および VEGA (grant No.2 /6045/20) に感謝いたしま
す。
江崎グリコ(株)生物化学研究所
大段 光司 訳
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Received on April 24, 2000, accepted on May 15, 2000
Profile of the Author
S˘tefan Janec˘ek was born in 1966 and graduated in Biotechnology at the Slovak Technical University, Bratislava, Slovakia. He
obtained his Ph.D. in 1993 from the Department of Biochemical
Technology at the same university. The title of his thesis was
“Analysis of Amino Acid Sequences of (α/β)8-Barrel Enzymes
from the Evolutionary and Structure-Stability Points of View.”
He had two stays supported by the FEBS Short-Term Fellowships: in 1996 at CERMAV, CNRS, Grenoble, France (under the
supervision of Dr. Bernard Henrissat), and in 2000 at Carlsberg
Laboratory, Copenhagen, Valby, Denmark (under the supervision of Dr. Birte Svensson). In
1997 he was awarded a Prize by the Slovak Academy of Sciences in the category of young
research fellows for his work “Evolutionary Relationships of the Enzymes from the α-Amylase Family and an Approach to the Question of Evolution of All (α/β)8 -Barrels.” Currently
he is a research scientist at the Institute of Molecular Biology of the Slovak Academy of
Sciences, Bratislava, Slovakia. He is interested in the enzymes and proteins from the αamylase family, especially in their structure-function, structure-stability and evolutionary
relationships, and, in a wider sense, his interests are focused also on the entire family of (α/
β)8-barrel proteins.
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