Curriculum vitæ de Sylvain Sené (11 décembre 2014)

Curriculum vitæ de Sylvain Sen´
e (11 d´
ecembre 2014)
Adresse professionnelle : LIF, Parc scientifique de Luminy, Case 901, 13288 Marseille Cedex 9, France.
T´
el. : 04-91-82-94-96.
M´
el : [email protected]
Web : http://pageperso.lif.univ-mrs.fr/~sylvain.sene.
Situation actuelle
Professeur `
a Aix-Marseille Universit´e (AMU).
Chercheur permanent du Laboratoire d’informatique fondamentale (LIF) – AMU.
´
Chercheur associ´
e de l’Institut rhˆ
one-alpin des syst`emes complexes (IXXI) – ENS-Lyon.
Formation et diplˆ
omes
2012 Habilitation a` diriger des recherches d’informatique de l’UEVE. Titre : Sur la bio-informatique des r´eseaux
d’automates. Jury : Alexander Bockmayr (pr´esident), Franck Delaplace (examinateur), Alain Denise (rapporteur),
Enrico Formenti (rapporteur) et Erol Gelenbe (rapporteur). Soutenance le 27 novembre 2012.
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2008 Doctorat d’informatique de l’UJF-Grenoble, co-habilit´e par l’ENS-Lyon.
Titre : Influence des conditions de bord
dans les r´eseaux d’automates bool´eens `
a seuil et application `
a la biologie. Soutenance le 15 octobre 2008.
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2005 Master 2 recherche d’informatique fondamentale de l’ENS-Lyon.
Activit´
es professionnelles
2013-.. Professeur au d´epartement d’informatique d’AMU.
2013-.. Fondateur et responsable de l’´equipe de Calcul naturel (CANA) au LIF.
2009-13 Maˆıtre de conf´erences au d´epartement d’informatique de l’UEVE.
2008-09 ATER `
a mi-temps au d´epartement T´el´ecom de l’INSA-Lyon.
´
2005-08 Allocataire de recherche de l’UJF-Grenoble en convention avec l’ENS-Lyon.
Publications
´
Editions
1. N. Fat`es, S. Sen´e. Automates cellulaires et r´eseaux d’automates : le rˆole central de l’irr´egularit´e. Num´ero sp´ecial
de Technique et sciences informatiques, en cours.
Chapitres d’ouvrage
1. G. Barlovatz-Meimon, S. Sen´e. M´ethodes informatiques en biologie. Chapitre de Culture de cellules animales,
Lavoisier, 2014.
Revues internationales
1. M. Noual, D. Regnault, S. Sen´e. About non-monotony in Boolean automata networks. Theoretical Computer
Science, 504 : 12-25, 2013.
2. J. Demongeot, M. Noual, S. Sen´e. Combinatorics of Boolean automata circuits dynamics. Discrete Applied
Mathematics, 160(4-5) : 398-415, 2012.
3. J. Demongeot, A. Elena, M. Noual, S. Sen´e, F. Thuderoz. “Immunetworks”, intersecting circuits and dynamics.
Journal of Theoretical Biology, 280(1) : 16-33, 2011.
4. J. Demongeot, E. Goles, M. Morvan, M. Noual, S. Sen´e. Attraction basins as gauges of the robustness against
boundary conditions in biological complex systems. PLoS One, 5(8) : e11793, 2010.
5. J. Demongeot, E. Drouet, A. Elena, A. Moreira, Y. Rechoum, S. Sen´e. Micro-RNAs : viral genome and robustness
of gene expression in the host. Philosophical Transactions of the Royal Society A, 367 : 4941-4965, 2009.
6. J. Demongeot, H. Ben Amor, A. Elena, P. Gillois, M. Noual, S. Sen´e. Robustness in regulatory interaction networks. A generic approach with applications at different levels : physiologic, metabolic and genetic. International
Journal of Molecular Sciences, 10(10) : 4437-4473, 2009.
7. J. Demongeot, C. J´ez´equel, S. Sen´e. Boundary conditions and phase transitions in neural networks. Theoretical
results. Neural Networks, 21(7) : 971-979, 2008.
8. J. Demongeot, S. Sen´e. Boundary conditions and phase transitions in neural networks. Simulation results. Neural
Networks, 21(7) : 962-970, 2008.
9. J. Demongeot, A. Elena, S. Sen´e. Robustness in regulatory networks : a multi-disciplinary approach. Acta Biotheoretica, 56(1-2) : 27-49, 2008.
1
Communications internationales
1. T. Melliti, D. Regnault, A. Richard, S. Sen´e. On the convergence of Boolean automata networks without negative
cycles. Actes de AUTOMATA, LNCS 8155, 124-138, Springer, 2013.
2. M. Noual, S. Sen´e. Sensitivity to synchronism of Boolean automata networks. Accept´e pour pr´esentation `
a CiE,
2013.
3. F. Delaplace, H. Klaudel, T. Melliti, S. Sen´e. Analysis of modular organisation of interaction networks based on
asymptotic dynamics. Actes de CMSB, LNCS 7605, 148-165, Springer, 2012.
4. M. Noual, D. Regnault, S. Sen´e. Boolean networks synchronism sensitivity and XOR circulant networks convergence time. Actes de AUTOMATA & JAC, EPTCS 90, 37-52, Open Publishing Association, 2012.
5. S. Sen´e. A necessary condition for boundary sensitivity of attractive non-linear stochastic cellular automata in
Z2 . Actes (papiers exploratoires) de AUTOMATA & JAC, 1-10, I3S/RR-2012-04-FR, 2012.
6. J. Demongeot, S. Sen´e. The singular power of the environment on stochastic nonlinear threshold Boolean automata networks. Actes de CMSB, 55-64, ACM Press, 2011.
7. J. Demongeot, A. Elena, M. Noual, S. Sen´e. Random Boolean networks and attractors of their intersecting
circuits. Actes de WAINA, 483-487, IEEE Press, 2011.
8. J. Demongeot, M. Noual, S. Sen´e. On the number of attractors of positive and negative Boolean automata
circuits. Actes de WAINA, 782-789, IEEE Press, 2010.
9. J. Demongeot, E. Goles, S. Sen´e. Loss of linearity and symmetrisation in regulatory networks. Actes de WAINA,
908-913, IEEE Press, 2009.
10. H. Ben Amor, J. Demongeot, S. Sen´e. Structural sensitivity of neural and genetic networks. Actes de MICAI,
LNCS 5317, 973-986, Springer, 2008.
11. J. Demongeot, M. Morvan, S. Sen´e. Robustness of dynamical systems attraction basins against state perturbations : theoretical protocol and application in systems biology. Actes de CISIS, 675-681, IEEE Press, 2008.
12. J. Demongeot, M. Morvan, S. Sen´e. Impact of fixed boundary conditions on the basins of attraction in the
flower’s morphogenesis of Arabidopsis thaliana. Actes de AINAW, 782-789, IEEE Press, 2008.
13. M. Morvan, S. Sen´e. A distributed trust diffusion protocol for ad hoc networks. Actes de ICWMC, 87-92, IEEE
Press, 2006.
Conf´
erences nationales
1. J. Demongeot, M. Morvan, S. Sen´e. Fixed boundaries influence in biological networks : from theory to application.
Actes de JOBIM, 111-116, 2008.
Th`
eses
1. S. Sen´e. Sur la bio-informatique des r´eseaux d’automates. Th`ese d’habilitation `a diriger des recherches, Universit´e
´
d’Evry
- Val d’Essonne, 2012.
2. S. Sen´e. Influence des conditions de bord dans les r´eseaux d’automates bool´eens `
a seuil et application `
a la biologie.
´
Th`ese de doctorat, Universit´e Grenoble 1 - Joseph Fourier et Ecole
normale sup´erieure de Lyon, 2008.
´
3. S. Sen´e. Mod`ele de diffusion de la confiance pour les r´eseaux ad hoc. Th`ese de Master, Ecole
normale sup´erieure
de Lyon, 2005.
Encadrements
´
Doctorats : 2009-12 : Mathilde Noual (ENS-Lyon).
Titre : Mises `
a jour de r´eseaux d’automates. Encadrement `
a
´
´
80% avec Pr. Eric R´emila 20% (UJM- Saint-Etienne).
Mathilde Noual est laur´eate du prix de la meilleure th`ese
STIC 2012 de la fondation EADS et du 2`eme prix Gilles Kahn 2012 de la Soci´et´e informatique de France (SIF).
Elle a ensuite ´et´e post-doctorante `
a l’I3S de l’Universit´e de Nice - Sophia Antipolis (UNS) entre le 1/10/2012 et le
15/04/2014. Elle est `
a pr´esent membre associ´e de l’´equipe CANA du LIF.
Stages de recherche : Encadrement d’un stagiaire de M2 recherche en informatique AMU (100%, 2014), d’un stagiaire de M1 bio-informatique UEVE (80%, 2012), de deux stagiaires de L3 Informatique UEVE (50%, 2010, 2013),
de deux stagiaires de L3 Informatique ENSIIE (l’un `a 60% en 2010, l’autre `a 20% en 2012).
Enseignements
´
´
Seuls les enseignements dispens´es `
a AMU, l’Ecole
centrale de Marseille (ECM)
et `a l’UEVE sont r´ecapitul´es dans le
tableau ci-dessous. Auparavant, pendant mon doctorat, j’ai dispens´e 190 h. (´eq. TD) r´eparties entre l’UJF-Grenoble,
´
l’ENSIMAG
et l’INSA-Lyon en tant que vacataire ; pendant mon ann´ee de demi-ATER, j’ai dispens´e 104 h. (´eq. TD)
au d´epartement TSU de l’INSA-Lyon.
2
Niveaux
AMU
Nb. ´etudiants
Types
Intitul´es des cours
Mise `
a niveau en informatique,
Compilation
L3
Informatique
25 environ
Cours, TD, TP
M2(R)
Informatique
10 environ
Cours
Bio-informatique
10 environ
Cours
Mod`eles discrets,
Mod`eles de calcul naturel
Programmation orient´ee objet
Types
Intitul´es des cours
Cours
Bio-informatique
Niveaux
Fili`eres
M1
Bio-ing´enierie
Niveaux
Fili`eres
´
ECM
Nb. ´etudiants
15 environ
UEVE
Nb. ´etudiants
Types
Intitul´es des cours
Bio-informatique
30 environ
Cours
Programmation C & Syst`eme 1,
Initiation `
a l’informatique
Programmation Caml
L2
Informatique
30 a
` 40
Cours
Programmation C & Syst`eme 2
L3
Informatique
Bio-informatique
10 a
` 20
10 a
` 20
Cours, TD
Cours, TD
Compilation, Algorithmique
Mod´elisation en biologie
M1
Informatique
5a
` 10
Cours, TD
Bio-informatique
10 a
` 20
Cours, TD
Mod´elisation et simulation
Syst`emes dynamiques discrets, Projet
de bases de donn´ees
Informatique
Systems Biology
Bio-informatique
5a
` 10
10 a
` 15
10 a
` 15
Cours
Cours
Cours
L1
M2(R)
M2(P)
∗
Fili`eres
Informatique
150 environ
Cours, TD
Mod`eles de calculs non conventionnels
Formal Languages & Modelling
Mod´elisation avanc´ee
Total heures (´
eq. TD) par ann´
ee – 2009-10 : 258 ; 2010-11 : 223,5 ; 2011-12 ( 21 CRCT) : 109,5 ; 2012-13 : 194 ; 2013-14, 2014-15 : 200.
Responsabilit´
es collectives
D´
epartement d’informatique d’AMU
2014-.. : Responsable de la mention Licence Informatique.
2013-14 : Responsable de la L3 Informatique (site Saint-Charles).
LIF
2014-.. : Responsable de l’organisation et de l’animation du s´eminaire de laboratoire.
2013-.. : Membre du Conseil de direction du laboratoire.
2013-.. : Fondateur et responsable de l’´equipe CANA.
2013-.. : R´ef´erent LIF pour le Pˆ
ole de recherche interdisciplinaire et intersectoriel (PR2I)
vie d’AMU.
Sant´e et Sciences de la
Comit´
es d’organisation
2014 : Workshop francophone sur la th´eorie des r´eseaux bool´eens.
2013 : IEEE International Conference on Networking, Sensing and Control.
D´
epartement d’informatique de l’UEVE
2012-13 : Responsable des 3 parcours (ASR, INFO et MIAGE) de L3 Informatique.
2009-11 : Responsable du parcours Informatique (g´en´erale) (INFO) de la L3 Informatique.
2009-10 : Responsable du parcours Architecture, syst`eme et r´eseaux (ASR) de la L3 Informatique.
IBISC
2012 : Membre suppl´eant du conseil de laboratoire.
2010-.. : Responsable de l’organisation et de l’animation du s´eminaire d’informatique.
´
Universit´
e d’Evry
– Val d’Essonne
2012 : Membre ´elu du conseil scientifique.
2009-. . . : Membre de la commission d’expertise 27 des ATER d’informatique.
Rayonnement
Appartenance `
a des groupes scientifiques
Membre du GT SDA2 du GDR IM, du GDR BiM, du GDR STIC-Sant´e, du R´eseau national des syst`emes complexes
(RNSC), de la Complex Systems Society (CSS) et de la Soci´et´e francophone de biologie th´eorique (SFBT).
Comit´
es de programme
BIOTECHNO : International Conference on Bioinformatics, Biocomputational Systems and Biotechnologies (201315).
ICNSC : International Conference on Networking, Sensing and Control (2013).
3
SynBioCCC : Workshop on Synthetic Biology for Computation, Control and Communication (2011, associ´e `a ECAL).
Conf´
erences pl´
eni`
eres en tant qu’invit´
e
CIBB 2013 : International Meeting on Computational Intelligence Methods for Bioinformatics and Biostatistics.
Jurys de th`
ese
6 d´ec. 2012 : Examinateur de la th`ese d’Ajitha Supiramanian de l’UEVE.
Participation `
a des commissions de
2014 : Membre du comit´e de s´election
2012 : Membre du comit´e de s´election
2012 : Membre du comit´e de s´election
2011 : Membre du comit´e de s´election
recrutement externes
MCF biologie computationnelle de l’INSA-Lyon.
´
MCF bio-informatique de l’Ecole
centrale de Nantes (chaire CNRS).
MCF mod`eles discrets pour les syst`emes complexes de l’UNS.
MCF bio-informatique de l’UNS.
Responsabilit´
es d’expertise scientifique
2012 et 2013 : Rapporteur pour l’appel PEPS biologie-math´ematiques- informatique (CNRS, INRIA, INSERM).
´
Evaluation
r´eguli`ere d’articles – Journaux : Advances in Applied Mathematics, Bulletin of Mathematical Biology,
BMC Systems Biology, Comptes Rendus de l’Acad´emie des Sciences – Biologies, Discrete Applied Mathematics,
Journal of Complex Systems, Theoretical Computer Science ; Conf´erences : ACRI, ANB, Automata, BIOTECHNO,
ICNSC, JAC, MNTS, Solstice ; Workshops : BioPPN, SynBioCCC.
S´
ejours de
05/2012 :
08/2010 :
01/2008 :
01/2007 :
recherche
Deux semaines au laboratoire I3S de l’UNS sur invitation de Jean- Paul Comet et Adrien Richard.
Un mois `
a l’Universit´e Adolfo Iba˜
nez de Santiago (Chili) sur invitation d’Eric Goles.
Deux semaines `
a l’Institut des syst`emes complexes de Valparaiso (Chili) sur invitation d’Eric Goles.
Deux semaines `
a l’Institut des syst`emes complexes de Valparaiso (Chili) sur invitation d’Eric Goles.
Liste des contrats (depuis 2009)
2011-15 : Membre du projet Synbiotic – ANR Blanc. Partenaires : IBISC, LACL, ISC-PIF.
2011-13 : Porteur du projet M´et´eding – RNSC. Partenaires : IBISC, LIP, LIAFA.
2010-12 : Co-porteur du projet Maajes – IXXI. Partenaires : TIMC-IMAG, IBISC, LIP, I3S.
2007-10 : Membre du projet europ´een Morphex – FP6 NEST. Partenaires : CNRS (LIP), Univ. Amsterdam, Univ.
´
Chalmers, ISC Valparaiso, UJG Mayence, Univ. Stuttgart, Ecole
polytechnique, Oslo.
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