Barcelona Supercomputing Center – Centro Nacional de

Barcelona Supercomputing Center – Centro Nacional de
Supercomputación
Resolución Comité de Acceso,
Asignación de Horas de Supercomputación
para la
Red Española de Supercomputación (RES)
1er período 2015
Barcelona, Febrero 2015
Resolución Comité de Acceso, 1er periodo 2015
1. Introducción
El Comité de Acceso del Barcelona Supercomputing Center – Centro Nacional de Supercomputación es un órgano asesor del Director que informará las
solicitudes de acceso al Centro de los investigadores y grupos de investigación que lo soliciten. El Comité propondrá al Director, en base a la calidad científica
y técnica de las propuestas recibidas una lista razonada y priorizada de las solicitudes. Corresponde al Director la decisión sobre los accesos autorizados.
El acceso es para las máquinas de la Red Española de Supercomputación (RES), e incluye MareNostrum. La asignación entre las diferentes máquinas se
hace con motivos de necesidad de las actividades y de eficiencia.
El protocolo de acceso aprobado por la Comisión Ejecutiva del BSC está publicado en la página de web del BSC, http://www.bsc.es/RES
2. Análisis
En la presente convocatoria se ha realizado una asignación total de 38,5 millones de horas, sumando todas las horas de las diferentes arquitecturas,
incluyendo las horas de prioridad A y prioridad B. Estas horas incluyen las máquinas instaladas en Barcelona Supercomputing Center-Centro Nacional de
Supercomputación (BSC-CNS), Universidad Politécnica de Madrid (UPM), Instituto Astrofísico de Canarias (IAC), Universidad de Cantabria (UC), Universidad
de Málaga (UMA), Universidad de Valencia (UV), Universidad de Zaragoza (UZ) e Instituto Tecnológico de Canarias (ITC).
Todas las actividades han sido evaluadas por los paneles de expertos, clasificando las solicitudes según si eran excelentes, muy buenas y buenas.
Adicionalmente, se han tomado en consideración los criterios de evaluación descritos en la Sección Comentarios sobre la evaluación.
Con las actividades excelentes de mayor prioridad, se cubre el uso teórico de MareNostrum y del resto de máquinas de la RES para el próximo período de 4
meses. Algunas actividades calificadas como excelentes no han podido recibir recursos por la gran cantidad de demanda recibida, y sólo han podido recibir
horas sin prioridad.
A la mayoría de actividades que han obtenido recursos, se han asignado horas de uso de las máquinas de la RES con utilización preferente. El resto de
actividades que han obtenido recursos, es con utilización no preferente (es decir, utilizando las horas cuando estas no sean usadas por las actividades
preferentes).
Las actividades que no reciben horas de utilización al sistema no podrán disponer de acceso al mismo. Todas estas actividades recibirán un e-mail indicando
que no ha sido posible concederles acceso a las máquinas en esta oportunidad. Se anima a todos los solicitantes a presentar solicitud de acceso para la
siguiente convocatoria, que iniciará la evaluación el próximo mes de Junio de 2015.
Resolución Comité de Acceso, 1er periodo 2015
Para mejorar como se comparten los recursos asignados entre las diferentes actividades, y evitar así las concentraciones de uso de MareNostrum y el resto de
máquinas en determinados periodos de tiempos, se requiere la utilización proporcional de los recursos asignados. Así, si una actividad no utiliza la parte
proporcional asignada en un periodo determinado, quedará reducida la asignación total de forma proporcional. Por ejemplo, si de una asignación de 300 mil
horas en tres meses, no utiliza cerca de 100 mil horas el primer mes, su asignación para el periodo completo será reducida a 200 mil. De la misma forma, se
reducirá la prioridad de acceso a las actividades que sobrepasen su asignación proporcional en cada periodo de tiempo. Por ejemplo, si de una asignación de
300 mil horas en cuatro meses, se utiliza cerca de 200 mil horas el primer mes, se ira reduciendo la prioridad de los diferentes trabajos en el sistema para que
la prioridad regularice el consumo.
Así mismo, las horas no consumidas en el período no se pueden acumular para próximas convocatorias.
La utilización se medirá según "ellapsed time", considerando la utilización por el número de procesadores asignados. Por ejemplo, si se debe asignar el uso en
exclusiva de un nodo (que tiene varios procesadores, dependiendo de la máquina) durante 1 hora, se considerará el uso de 16, 8, 4 ó 2 horas, dependiendo de
la máquina.
3. Comentarios sobre la evaluación
El Comité de Acceso del BSC-CNS ha seguido los siguientes criterios para la evaluación de las actividades:
1. Reglas generales
a. La relevancia del proyecto científico en que se enmarca la actividad propuesta (20 %)
b. La justificación de la actividad propuesta y de los cálculos a realizar en la RES para la consecución del proyecto científico global (30 %)
c.
La calidad científica del grupo solicitante (10%)
d. La experiencia y capacitación en el cálculo de alto rendimiento (10 %)
e. La necesidad real de supercomputación para realizar el cálculo (20 %)
f.
La adecuación técnica del proyecto a la arquitectura de los recursos de la RES (10 %)
Resolución Comité de Acceso, 1er periodo 2015
2. Evaluación de los resultados presentados por las actividades de continuación
a. Publicaciones presentadas como resultado del acceso de actividades anteriores
b. Resultados técnicos obtenidos en los periodos anteriores
3. Utilización adecuada y completa de los recursos asignados en los periodos anteriores
4. Participación de grupos españoles en las actividades solicitadas
5. Actividad específica dentro de un proyecto de investigación. El acceso a los recursos de la RES corresponde a actividades específicas dentro de un
proyecto de investigación, y no corresponden a agrupaciones de diferentes actividades de investigadores de comunidades virtuales.
6. Seguir adecuadamente las obligaciones adquiridas en la utilización de MareNostrum y los otros recursos de la RES.
a. Envío a la RES de copia electrónica de las publicaciones científicas en las cuales el uso de los recursos de la RES ha resultado determinante.
b. Mencionar explícitamente en las publicaciones científicas la ayuda del RES en su proyecto.
c.
Cumplimiento de las normas de utilización de los recursos de la RES y de las políticas de seguridad y confidencialidad determinados por la
RES .
d. No hacer negocio con los resultados obtenidos en los recursos de la RES bajo el formato “Investigación Pública”.
e. Proporcionar anualmente información y documentación, como vídeos, presentaciones, y cualquier otro material, para ser utilizado como
material divulgativo de la RES.
7. Dada la alta competencia por recursos y la cantidad total disponible de estos, se recuerda a los proyectos que solicitan muchas horas que PRACE
(www.prace-ri.eu) ofrece cantidades de horas a partir de 4 millones anuales, disponiendo de dos evaluaciones de proyectos anuales.
Resolución Comité de Acceso, 1er periodo 2015
4. Consideraciones adicionales
4.1. Actividades industriales
Cualquier actividad industrial está sujeta a las mismas condiciones de calidad que las actividades de investigación pública. Todos los usuarios con actividades
industriales, y con acceso a las máquinas de la RES deben pagar por el acceso a los recursos. El precio se calcula para cada una de las actividades que lo
indiquen, teniendo en cuenta los recursos solicitados (humanos y técnicos) y el interés científico/económico de la actividad.
4.2. Política de uso de disco
En la actual resolución, se ha realizado asignación no sólo de tiempo de CPU, sino de espacio de almacenamiento. Se ha tenido en cuenta el espacio
solicitado, así como el espacio disponible y la eficiencia en la utilización de los recursos.
Para cada actividad, se ha asignado capacidad en tres espacios diferentes:
•
Projects: para tener almacenados los resultados de las simulaciones que se necesitan durante todo el periodo de asignación
•
Scratch: espacio necesario para realizar las simulaciones en cada momento. Se debe considerar que este es un espacio de disco que se debe liberar 7
días después de haber finalizado la simulación que lo ha producido
•
HSM: espacio de disco/cinta que permite almacenar todos los resultados obtenidos. En los centros que no dispongan de este equipo, se podría
permitir ampliar el plazo de 7 días en Scratch. Se estudiará para cada caso en particular.
4.3. Paralelismo compulsivo
Para mejorar la eficiencia de los sistemas, es necesario que todas las actividades que han planteado simulación que requieren paralelismo compulsivo
(muchas ejecuciones del mismo programa, con variación de los datos de entrada), utilicen la herramienta COMPSs (http://www.bsc.es/computer-sciences/gridcomputing/comp-superscalar). El envío de trabajos secuenciales al sistema se limitará.
El equipo de soporte del BSC-CNS y equipo del Nodo Computacional del INB en el BSC, ofrecerán la ayuda necesaria para portar los códigos a esta
tecnología. Se debe contactar con [email protected]
Resolución Comité de Acceso, 1er periodo 2015
5. Listados y asignaciones
A continuación se incluye la lista de las actividades que tendrán acceso a los diferentes nodos de la RES, con las asignaciones en miles de horas, y las
capacidades en Gigabytes de los diferentes sistemas de ficheros. Las actividades asignadas se indican en miles de horas correspondientes a cada máquina
(se ha considerado un rendimiento a la baja en cada máquina, de forma que el número de horas asignadas se corresponde en la mayoría de los casos con el
correspondiente de las horas solicitadas). En el caso de acceso a BSC, se indica acceso a MareNostrum abreviando con MN, y a MinoTauro abreviado con
MT.
Líder
Título
Con
prioridad
Sin
prioridad
Projects
Scratch
HSM
Site/Máquina
Alfonso Valencia
The Effect of Carcinogenic Mutations on Nuclear
Receptor RXRa Dimers
660
1000
1000
UC
Andras Stirling
In silico speciation of Pd catalyst in water by first
principles simulation
230
500
2000
IAC
Angel Rubio
Modelling 2D Transition Metal Dichalcogenide
Heterostructures
60
100
500
500
UPM
Annapaola Migani
Interfacial level alignment across the
photodissociation coordinate of water and methanol
on rutile TiO2(110).
326,4
13,6
400
400
UPM
Antoni Planas
Evidence of Conformational Selection in a
Glycosyltransferase Structure?
200
700
800
UPM
Antonio FernandezGuerra
Standardized and comparable ecological and
biotechnological metagenome analysis of Ocean
Sampling Day’s marine ocean microbes
120
2000
500
2000
BSC/MN
Antonio Rodríguez
Fortea
Analysis of the ultrafast charge transfer in organic
photovoltaic devices based on endohedral
metallofullerenes: effect of the solvent
538,2
2000
1000
2000
BSC/MN
Resolución Comité de Acceso, 1er periodo 2015
151,8
Líder
Título
Con
prioridad
Sin
prioridad
Projects
Scratch
HSM
Site/Máquina
100
400
4096
4096
BSC/MN
960
240
250
2048
2048
BSC/MN
Assensi Oliva
Direct Numerical Simulations of Compressible
Turbulent Flows at Moderate Reynolds Numbers:
Compressible Flow around a NACA0012 airfoil with
incidence
Assensi Oliva
Flow topology in turbulent natural convection: direct
numerical simulation and advanced turbulence
modeling
Avelino Corma Canós
Alkane oxidation over CeO2 nanoparticles: role of
defects
294,4
25,6
350
350
UC
Carlos Vega
Ice crystallization
264,6
5,4
500
500
UV
Carme Rovira
Conformational free energy landscapes of
carbohydrates
460
2500
2500
3000
BSC/MN
128
2000
2000
3000
BSC/MT
Uncovering the molecular mechanisms of Oglycosylation
448
2000
2000
3000
BSC/MN
Carme Rovira
192
2000
2000
3000
BSC/MT
Carmen Domene
Interactions between Peptides and Membranes
Studied by all-atom free Energy Calculations
300
1200
1200
UPM
Daniel Lietha
Allosteric regulation of the SHIP2 phosphatase by
its C2 domain.
280
3000
50
UPM
Daniel Mira
Development of turbulent combustion models for
premixed combustion based on tabulated chemistry
for Reynolds-Averaged Navier-Stokes (RANS) and
large-eddy simulation (LES)
405
5000
5000
20000
BSC/MN
Edilberto Sánchez
Electrostatic microinstabilities and zonal flows in
stellarator plasmas.
600
6000
1000
6000
BSC/MN
Resolución Comité de Acceso, 1er periodo 2015
45
Líder
Título
Con
prioridad
Sin
prioridad
Projects
Scratch
HSM
Site/Máquina
Elena Khomenko
Simulations of dynamics of partially ionized solar
atmosphere
2160
240
6000
6000
8192
BSC/MN
Eliseo Ruiz
Looking for High Conductance Molecules
617,5
32,5
120
20
120
BSC/MN
Ernest Giralt Lledó
Heterochiral Proteins?
227
300
600
Fco. Javier Luque
Garriga
Translocation of ADP/ATP: Mechanism of the
membrane protein carrier
1382
2048
1024
500
BSC/MN
43
2048
1024
500
BSC/MT
Fernando Martin
XUV/X-ray laser pulses for ultrafast electronic
control in molecules
400
300
1000
1000
BSC/MN
Francesc Illas
Activation and conversion of CO2 through novel
catalysts based on Au and Cu nanoparticles
supported on molybdenum carbides
1009
300
600
800
BSC/MN
Francesc Illas
Towards realistic models of stoichiometric and
doped TiO2 nanoparticles relevant to
photocatalysis: Atomic and electronic structure from
Density Functional Theory and Quasiparticle GW
calculations
500
1000
1000
BSC/MN
Francisco J. DoblasReyes
Impact of ocean resolution and initialisation in
climate seasonal predictions
2100
2000
20000
1000
BSC/MN
Gregori Ujaque
Wacker-type oxidation of olefins: the effect of
solvent in anti-Markovnikov addition
196,8
49,2
500
2000
200
BSC/MN
Grigory E.
Astrakharchik
Diffusion Monte Carlo simulation of quantum gases
and solids.
80
200
200
0
BSC/MN
50
300
0
BSC/MT
Resolución Comité de Acceso, 1er periodo 2015
1644,75
50
290,25
ITC
Título
Con
prioridad
Gustavo Yepes
The Marenostrum Numerical Cosmology Project:
Grand Challenge simulations of structure formation
in the Universe
Ignacio Pagonabarraga
Líder
Sin
prioridad
Projects
Scratch
800
15000
Self assembly in active suspensions
1600
Javier Jimenez Sendin
Development of the GPGPU generation of DNS
codes.
300
Javier Trujillo Bueno
Three Dimensional Simulations Of The Generation
And Transfer Of Polarized Radiation In The Solar
Outer Atmosphere
Jean Kormann
3D Elastic Full Waveform Inversion: Toward
Reflection Based Inversion
Joaquim Jornet Somoza
First principle simulations of gas storage on nanostructured materials
700
Jordi Marti
Molecular dynamics simulation study of the
influence of cholesterol on ionic adsorption in
biological membranes
1440
Jordi Teixidó
Development of novel treatments for myotonic
dystrophy: in vivo drug discovery
Jordi Torra i Roca
Gaia: Data Processing and Simulation of Telemetry
Stream
Jose Luis Fernandez
Abascal
Existence of the liquid-liquid critical point in
supercooled water
Resolución Comité de Acceso, 1er periodo 2015
HSM
Site/Máquina
70000
300000
BSC/MN
2000
2000
2000
BSC/MN
2000
2000
6000
BSC/MT
100
6000
80
0
BSC/MN
101,4
5000
2000
3000
BSC/MN
1500
1500
400
50
100
BSC/MN
118
700
700
200
BSC/MN
1000
30000
35000
60000
BSC/MN
500
500
100
BSC/MN
912,6
81
360
IAC
Líder
Título
Con
prioridad
Sin
prioridad
Projects
Scratch
HSM
Site/Máquina
Jose Miguel Reynolds
Understanding and optimizing turbulent transport
simulations in stellarator plasmas with the GENE
gyrokinetic code
1300
5000
2000
Konstantin Neyman
Determination of chemical ordering in large
bimetallic particles from density-functional
calculations
780
900
1000
Leonardo Pardo
New strategies in GPCR drug discovery
1770
5000
5000
1000
BSC/MN
Manel Perucho Pla
Wind-wind interaction in gamma-ray binaries and
long term evolution of extragalactic jets
500
9000
9000
0
BSC/MN
Manel Perucho Pla
Wind-wind interaction in gamma-ray binaries and
long term evolution of extragalactic jets
500
1000
2000
Miquel Solà
Maximum Aromaticity as the key property to unravel
the Relative Stabilities of Endohedral
Metallofullerenes
536
50
200
100
BSC/MN
Neven Stjepan Fuckar
Impact of sea ice initialization on seasonal climate
prediction
257,6
400
5000
0
BSC/MN
Nuria Lopez
Synthesis-structure-activity relationships for
surfactant coated metal nanoparticles (2nd period)
922
1000
500
150
BSC/MN
Oriol Jorba-Casellas
Contribution to AQMEII – phase 3 and COST Action
ES1004 air quality simulations with the Online
model NMMB/BSC-CTM
250
150
4000
500
0
BSC/MN
Pablo Fosalba
The MICE project -2. Volume and mass resolution
effects on small-scale dark matter clustering
100
20000
25000
60000
BSC/MN
Resolución Comité de Acceso, 1er periodo 2015
22,4
5000
BSC/MN
UZ
UV
Título
Con
prioridad
Sin
prioridad
Pilar Queralt
Inversion of new Magnetotelluric (MT) and Control
Source Electromagnetic (CSEM) data for
geoelectrical characterization and monitoring of
geological reservoirs
90
Prof. Dr. Josep M.
Poblet
Formation and characterization of polyoxometalates
in water solution
245,64
Ramiro Logares-Haurie
Microbial Oceanomics using High-Throughput
Sequencing
Riccardo Rurali
Nanoporous silicon for thermoelectric applications
552,6
Rubén Pérez
Active centers in realistic metal oxide surfaces
characterized with first-principles simulations and
scanning probe microscopies
600
Santiago Badia
Improving the scalability of balancing substructuring
domain decomposition methods for computational
fusion
200
Sascha Husa
Coalescence of Black Hole Binary systems
Stefan Bromley
Líder
Projects
Scratch
10
20
2
90
BSC/MN
30,36
50
250
100
BSC/MN
7000
6000
4000
BSC/MN
500
500
200
BSC/MN
3000
1500
100
400
0
BSC/MN
800
1000
2500
5000
BSC/MN
Design of 2D Materials based on Radical Building
Blocks
1550
2000
3000
Victor Martin Mayor
Random Field Ising Model in four spatial
dimensions and beyond
1120
500
20
UMA
Xavier Barril
Assessing the inherent conformational flexibility of
F1-ATPase alpha subunit: a molecular dynamics
simulation study
360
500
0
UZ
Xavier Barril
The Quasi-Bound State: application to virtual
fragment screening
240
500
500
Resolución Comité de Acceso, 1er periodo 2015
300
61,4
50
HSM
Site/Máquina
UPM
UV
500
BSC/MT
6. Siguientes pasos
Se dispone de un entorno web para poder acceder durante el periodo a toda la información relacionada con la actividad.
Esta disponible a través de la web: http://www.bsc.es/RES. Es una zona protegida, que puede accederse con el correo electrónico del líder de la
actividad, o de la persona que presentó la solicitud.
Desde esta zona, que esta en construcción y evolución, se puede:
•
Dar de alta a los usuarios/investigadores que participan en esta actividad. Se hace de forma automática, pero es imprescindible firmar el
documento y devolverlo por correo antes de 15 días de dar el alta. De otra forma se anulará el acceso al sistema hasta que se reciba la
documentación. Esto debe realizarse tanto para los usuarios de actividades de continuación como para actividades nuevas.
•
Consultar la información proporcionada por el comité de acceso.
•
Consultar los recursos asignados para la actividad. Es importante comprobar que no hay errores en estos datos, ya que serán los que se
apliquen en los diferentes sites.
•
Analizar el consumo semanal de recursos
Una vez rellenada la información, el equipo de soporte local del site de asignación se pondrá en contacto con los usuarios para proporcionar la
información necesaria.
Resolución Comité de Acceso, 1er periodo 2015